En época romana la ciudad se llamaba Complutum y estaba situada a unos dos kilómetros de la Alcalá de Henares moderna. Fue una de las ciudades más importantes de la Península Ibérica, como muestran los restos que aún se conservan. Fueron 400 años de esplendor bajo el dominio del Imperio, en gran medida, gracias al aprovechamiento que se hizo del río Henares, los nuevos ejes de comunicación y la explotación de los recursos agrícolas. Después de Roma, llegaron los árabes, que en el 850 construyeron el castillo de A-Qalàt en Nahar, de donde procede la denominación de Alcalá.
Su importancia como plaza defensiva del valle del Tajo durante la Reconquista Cristiana dotó a la ciudad de nuevas construcciones al tiempo que la convirtió en un recinto amurallado. En su interior convivieron judíos, musulmanes y cristianos, cada uno con su zona de influencia dentro de la fortificación. En el siglo XIII, Alcalá pasó a ser un señorío de los arzobispos de Toledo, que levantaron el Palacio Arzobispal y proporcionaron al lugar gran importancia y una destacada actividad económica.
En 1293, Sancho IV concede a Alcalá el privilegio de crear un “Estudio de Escuelas Generales”, momento en que empezó su condición universitaria. Pero el gran esplendor llegó con el Cardenal Cisneros que fundó en 1499 la Universidad Complutense. Aunque las enseñanzas tuvieron al principio una marcada orientación religiosa y la teología y la educación eclesiástica gozaron de un papel destacado, la Universidad tomó pronto el camino de las humanidades, el derecho o la literatura con personajes de la talla de Quevedo, San Ignacio de Loyola o Santo Tomás de Villanueva. Sin embargo, en 1836, las facultades pasaron a Madrid. Tras un periodo de declive, a mitad del siglo XX todo volvió a resurgir con fuerza merced a la industrialización y el regreso a la ciudad de la vida universitaria.